Удаление одной строки из Регистра сведений можно выполнить используя НаборЗаписей.
НаборЗаписей = РегистрыСведений.ДвоичныеДанныеФайлов.СоздатьНаборЗаписей();
НаборЗаписей.Отбор.Файл.Установить(Файл.Владелец);
попытка
НаборЗаписей.Прочитать();
НаборЗаписей.Удалить(НаборЗаписей[0]);
НаборЗаписей.Записать();
исключение
Сообщить("Не удалено");
конецпопытки;
Благодарю вас за предоставленную информацию.
Большое спасибо за важную информацию.